Angewandte Forschung ist ein wichtiges Alleinstellungsmerkmal des ILN Südwest. Am ILN wurden Forschungsprojekte konzipiert und später in enger Kooperation auch mit universitären und landeseigenen Forschungs- und Beratungseinrichtungen umgesetzt. Die Forschungsarbeiten decken eine breite Palette naturschutzfachlicher Themen ab. Die Mehrzahl der Projekte arbeitet dabei in enger Kooperation mit Landwirten, an der Schnittstelle von Naturschutz und Landnutzung im Offenland.